Банк был создан в 1992 году при участии еще не приватизированной компании «Росгосстрах» и структур Александра Мотылева (выходца из Госстраха СССР). До октябрьского кризиса 2008 года формальными акционерами «Глобэкса» являлись 18 московских ООО и фирм-нерезидентов. Структура собственности и происхождение капитала вызывали в свое время много вопросов у Банка России, однако позже претензии были сняты, и в декабре 2004 года банк вошел в систему страхования вкладов. Считается, что это стало возможно благодаря усилиям бывшего первого заместителя главы МВД РФ Андрея Дунаева, занявшего тогда пост председателя совета директоров банка. Через аффилированные структуры Андрею Дунаеву и Александру Мотылеву принадлежали «Новинский пассаж», второй часовой завод «Слава» (на месте которого планировалось возвести бизнес-парк «Слава»), 2 тыс. га земли в Подмосковье, подмосковный поселок Family Club, торгово-развлекательный центр в Новосибирске и т. д.
В сентябре 2008 года банк столкнулся с массовым оттоком средств физических и юридических лиц, результатом чего стало приобретение Внешэкономбанком 98,94% акций «Глобэкса» за символические 5 тыс. рублей. Председателем совета директоров проблемного банка был назначен глава ВЭБа Владимир Дмитриев. Банк входит в «Группу Внешэкономбанка».